Хоть сейчас Чистые пруды нельзя назвать чистыми, но раньше они назывались совершенно по другому. Нынешняя экология в районе Чистых прудов оставляет желать лучшего.

Местность, где расположены Чистые пруды находится на вершине пологого холма. В средней полосе России в такого рода местностях обычно располагаются болота, где берут начало маленькие речушки. Здесь было точно так же: ручьи стекались в реку Рачку, а та впадала в Москву-реку.

В этом районе местность постепенно обживалась, болота высыхали. Когда Рачку пересекла стена Белого города, перед которой нельзя было строить дома, то там образовалась низина, а в ней пруд. В него стекли все отбросы и сточные воды, в том числе и с мясных лавок на улице Мясницкой. Вода настолько воняла, что первое название пруд получил Поганый пруд. Так он и назывался до конца 17 века, но потом его очистил князь Меньшиков, он купил землю в этом районе и запретил загрязнять пруд. С тех пор пруд стал называться Чистым.

Но есть и другие версии, почему раньше пруд назывался «поганым». Тюльпаков утверждает, что слово «поганый» раньше имело другое значение, поскольку имеет происходит от слова «poganus», что означает «языческий». Он считает, что на этом пруду раньше проводились языческие обряды.

Есть и еще одна версия, согласно которой в районе Чистых прудов было село, которое принадлежало боярину Кучкину, князь Юрий Долгорукий был чрезвычайно рассержен плохим приемом Кучкина и велел убить его и кинуть в пруд тело. После чего пруд стал «поганым».